PRESENTACIONES MOLECULARES 3D EN WORDPRESS – UN RECURSO EDUCATIVO. EL PLUGIN JSMOL2WP

José Ignacio López, PhD.

Aminoácido l-valina
Aminoácido l-valina

Después de un tiempo trabajando en ello, en el blog de quiral ya podemos lanzar el primer post incluyendo presentaciones moleculares dinámicas en 3D visualizadas con Jmol, las cuales nos serán muy útiles de aquí en adelante para enriquecer nuestros artículos y lecciones acerca de todos los aspectos relacionados con la química y la quiralidad, la isomería molecular, y la enantioisomería en particular.

Tras analizar varias opciones, entre ellas la instalación directa en el servidor de la aplicación o la instalación de algún plug-in que nos resultase fiable, nos hemos decidido por la instalación del plug-in para wordpress llamado “jsmol2wp”.

Así, es este artículo hablamos brevemente sobre este recurso educativo, aunque dejaremos para más adelante explicaciones detalladas sobre el uso de la aplicación, las cuales iremos desarrollando sobre la marcha en futuros artículos dedicados a la quiralidad, isomería, enantioisomería, etc., que al fin y al cabo son los temas centrales sobre los que versa esta web. Es decir, que jmol no es para nosotros un fin en sí mismo sino un medio a través del cual llegar a nuestro objetivo: aprender juntos sobre química, quiralidad, isomería, y otros asuntos relacionados.

Ya puedes probar nuestra primera presentación en 3D. Nos hemos estrenado con un modelo 3d de la l-valina. Te recomendamos que hagas la molécula rotar, y que explores todas las opciones que existen situándote encima de la presentación y ticando el botón derecho, verás un menu desplegable que aparece con muchas otras opciones. Está claro que por el momento la presentación es algo rudimentaria, lo sabemos, empezando por esos botones azules enormes, pero poco a poco iremos aprendiendo a darle estilo y embellecer nuestras presentaciones, y seguro que en poco tiempo conseguimos sacar el máximo provecho de esta excelente herramienta.

l-Valina, un aminoácido esencial

Aprovechamos este artículo para inaugurar un apartado del aula que teníamos algo olvidado, el de recursos educativos. Poco a poco iremos añadiendo más herramientas y enlaces de interés.

Este plug-in fue creado y puesto a disposición del público bajo una licencia (GPLv2, General Public License version 2) por el Departmento de Bioquímica y Biofísica de la Texas A&M University. La licencia GPLv2 básicamente implica que el software puede ser usado o modificado libremente sin cargos. Agradecemos a Jim Hu y su equipo por su labor en el desarrollo de este plug-in.

El uso de Jmol, y este plug-in es un medio de uso, requiere el reconocimiento a sus autores Bob Hanson y el resto del equipo de Jmol. La forma recomendada de citar Jmol es:

Jmol: un visor Java de código abierto para estructuras químicas en tres dimensiones.

Para más información: http://jmol.sourceforge.net/


Más información sobre química y quiralidad en la WEB QUIRAL y en el AULA DE LA WEB QUIRAL


Publicado por

José Ignacio López, PhD

Doctor en Química, especializado en Química Orgánica y Master en sistemas integrados de gestión industrial de la calidad, seguridad y medio ambiente, con más de 10 años de experiencia en el desarrollo y mejora de procesos químicos para la industria. Apasionado de la enseñanza y la práctica profesional de la química. Formado en docencia on-line, diseño y analítica web y gestión de comunidades virtuales.

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